A Capitania-Geral dos Açores foi uma estrutura de governo político, civil e militar criada pelos diplomas de 2 de Agosto de 1766, assinados pelo rei D. José I de Portugal, por proposta de Sebastião José de Carvalho e Melo, o marquês de Pombal, que os concebeu. Instituída numa conjuntura de crise fiscal, a instituição da capitania geral marcou uma profunda ruptura na história política e institucional dos Açores, ainda presente na auto-consciência açoriana. Com a chegada do primeiro capitão general, D. Antão de Almada, foram introduzidas profundas alterações na estrutura do governo político e jurídico e, consequentemente, na rede de poderes restabelecida após o termo, em 1643, do domínio espanhol nos Açores.
Situada no centro do arquipélago, cidade e sede da Diocese de Angra desde 1534, Angra foi erguida à condição de capital dos Açores, ficando nela estabelecida a residência do capitão-general, nela se concentrando as principais instituições do governo, nomeadamente a Junta Criminal, a Junta da Fazenda e o comando militar, todas presididas pelo capitão-general.
A corregedoria que existia desde o século XVI foi reorganizada, recuperando-se a situação que existira efemeramente durante o reinado de D. João III de Portugal, com a divisão das ilhas em duas comarcas, as comarcas de Angra e de Ponta Delgada, ao tempo as únicas duas cidades do arquipélago. No plano judicial, foram nomeados juízes de fora para Angra e para as vilas mais importantes de cada ilha, já que Ponta Delgada tinha juiz de fora desde 1554.
As profundas reformas operadas incluíram também a alteração do sistema de escolha dos edis dos principais concelhos açorianos. Em vez dos tradicionais pelouros, que permitiam a manutenção do poder municipal no seio da oligarquia de cada sede de concelho, foi determinada a introdução do modelo das pautas elaboradas no Desembargo do Paço.
A reorganização da administração civil e das justiças foi acompanhada pela reorganização militar, a qual incluiu a extinção das ordenanças do pé de castelo, as milícias que forneciam as guarnições dos presídios de Angra, Ponta Delgada e Horta, sendo criado em seu lugar um corpo de infantaria de linha que seria designado por Regimento Insulano.
As linhas de actuação que deveriam nortear a acção do primeiro capitão-general, D. Antão de Almada, foram incluídas no alvará de lei e regimento de 2 de Agosto de 1766 e num documento intitulado Instrução particular [...] para o seu governo secretissimo ou Instrucção Secretissima, com a mesma data. enquanto o alvará de lei e regimento define o enquadramento jurídico e institucional da Capitania-Geral e estabelece os princípios gerais que deviam nortear a acção governativa e o exercício do poder pelo Capitão-Geeral, a Instrucção Secretissima estabelecia as orientações políticas a seguir pelo Capitão-General no seu relacionamento com as populações e instituições açorianas e as concepções e os objectivos estabelecidos pela monarquia para as ilhas açorianas.
O objectivo geral da reforma era claramente afirmar a autoridade do centro político da monarquia sobre as instâncias periféricas de poder, que nas ilhas tinha tradicionalmente mantido uma autonomia que era vista com desconfiança pela Corte, e em espacial pelo então conde de Oeiras. Outro objectivo, igualmente importante em tempo de crise fiscal, era reduzir a fuga ao fisco e aumentar as receitas recolhidas pelo erário régio no arquipélago. Uma terceira ordem de razões prendia-se com o recrutamento militar, ao tempo fraudulentamente evitado por muitos jovens açorianos, e com a criação de um corpo militar, profissionalizado e da confiança régia, que substituísse os corpos milicianos que desde a Guerra do Castelo guarneciam as ilhas.
Apesar destes grandes objectivos e do poder incontestado da corte, as debilidades da monarquia num espaço periférico e isolado como os Açores continuaram a condicionar a vontade régia e as reformas ficaram aquém do esperado. Apesar de se ter estabelecido um controlo populacional e económico através da elaboração de mapas e de terem sido introduzidos novos impostos, a fuga ao recrutamento militar continuou, aparecendo a solução do embarque clandestino para as colónias britânicas na América do Norte, e a fuga aos impostos manteve-se e as fraudes fiscais continuaram a prejudicar a Fazenda Real. O sistemas das pautas régias a não atingiu os objectivos pretendidos, continuando as edilidades nas mãos do mesmo grupo social.
Após um largo intervalo sem Capitão-General nomeado, correspondente à viradeira, em 1799 a Capitania Geral foi refundada por iniciativa de D. Rodrigo de Sousa Coutinho e nomeado novo Capitão General.
A situação voltaria a sofrer profundas alterações em consequência da primeira invasão francesa de Portugal, da transferência da corte portuguesa para o Brasil em 1807 e do dealbar da Guerra Peninsular. Contudo, apesar de nessa ocasião as as ilhas terem indubitavelmente readquirido importância no panorama geopolítico do império colonial português, o seu estatuto permaneceu indefinido. Essa indefinição associada ao afastamento do poder régio no Brasil, favoreceu a autonomia dos Capitães-Generais e fez aumentar a contestação local ao modelo de governo assente na cidade de Angra.
Após a Revolução Liberal do Porto de Agosto de 1820, numa conjuntura política cada vez mais complexa e instável, a Capitania-Geral foi temporariamente extinta em 1822, por decisão das Cortes Gerais e Extraordinárias da Nação Portuguesa a pedido dos deputados eleitos pelas ilhas São Miguel e do Faial e Pico, mas restabelecida e reorganizada pelo rei, em 1823, perdurando até 1830, quando a regência do reino se fixou em Angra.
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